На протяжении лета 1999 года четыре участника Tommy Dahlström, Zeb Nilsson, Johan Hjelm и Arttu Malkki недавно распавшейся группы Defaced Creation решили создать новую death-metal группу, которая должна была создать более новую и необычную атмосферу вместо традиционного олдскульного стиля (несмотря на то, что корни были именно от традиционного олдскульного деза).
Позже Morgan Nordbakk присоединился к новообразованной группе в качестве гитариста.
На протяжении осени этого же года группа записывает своё первое демо, которое включает такие песни как: “Return of Apolluon”, “Eternal Hate”, “With Blood they Pay”, “The Awakening”, “Bloodlust” и “Hell Unleashed”.
В мае 2001 6-й трек с этого демо был издан в качестве MCD под названием “Dark Order” на Necropolis rec. “Dark Order” был мгновенно распродан и даже до си пор им интересуются многие поклонники.
Позже в этом году Morgan Nordbakk оставил группу и был замещён Daniel Dlimi (ex Equinox ov the Gods). Дэниэл начал экпериментировать в качестве писателя песен для группы – это хорошо сказалось на творчестве группы.
Летом 2002 группу вновь ждали перемены кадров: барабанщик Arttu Malkki ушел из Aeon и был замещён Nils Fjellström. Группа начала активно работать над материалом к их дебютному альбому.
Осенью 2003 Aeon начали запись “Bleeding the False”, который был издан 20 сентября 2005 года на Unique Leader. Альбом также оказался популярным среди поклонников и медиа.
В апреле 2006 группа приняла участие в европейском туре вместе с Cannibal Corpse, что достаточно продвинуло группу. В июле группа подписала контракт с Metal Blade rec.
В сентябре к Aeon присоединился Max Carlberg в качестве басиста. В апреле 2007 группа записывает альбом “Rise to Dominate” и в сентябре альбом издаётся на Metalblade Records.
В 2008 группа начинает работу над материалом для своего третьего полноформатного альбома “Path of Fire”. Также группа подписывает ряд контрактов с Schecter Guitars и Hamm & Nilsson.
В январе 2009 группа даёт концерты в Европе под названями: Hate Eternal, Misery Index and See You Next Tuesday, после чего они продолжают работу над новым альбомом.
В сентябре пути группы и басиста Max Carlberg расходятся. На его место становится Victor Brandt, с которым группа записывает свой анонсированный альбом.
В ноябре Aeon выступают в качестве поддержки у Mayham в их шведской части тура “25 years of chaos”.
В январе 2010 группу покидает басист Виктор и его заменяет Marcus Edvardsson.
